巴西于1933年实现职业化，除统一管理全国足球事务的最高领导机构巴西足协外，巴西各州和城市均设有地方足协。巴西足协负责管理巴西国家足球联赛和各级国家队，地方足协则负责管理地方联赛。巴西体育部虽然对巴西足协拥有行政指导权和咨询权，但足球领域的实际权力还是掌握在巴西足协手中。

巴西足球赛制是世界上最复杂的足球赛制，通常每年元旦后各州联赛开始，巴西杯则在三月份举行。参赛球队分为上、下两级联赛。此前该赛事共有88支球队参赛，2004年缩减为64支。该赛事采用单场淘汰制和主客场制相结合，比赛持续到六月。四月开始，全国联赛开始。

巴西最初只有业余联赛，后来一些州也成立了自己的州联赛。虽然州联赛不断发展，但由于经济和地理问题，巴西足协直到1971年才成立了全国联赛。由于球队数量众多（最多时有100多支球队），时任巴西体育部主席的阿维兰热将各国家队组织在一起，采用NBA式的金字塔赛制，分为季前赛和季后赛。这种比赛在本世纪初被称为“阿维兰热杯”。2003年，巴西足协废除了这一做法，采用世界流行的主客场累计积分制，由此成立了巴西国家甲、乙联赛。巴西足球甲级联赛（简称巴西足球甲级联赛）是巴西最高级别的职业足球联赛，由巴西足协组织举办。

巴甲冠军大多来自里约热内卢州和圣保罗州。前40届巴甲联赛，共有29支冠军球队来自这两个州。圣保罗州有圣保罗6支冠军，科林蒂安5支冠军，帕尔梅拉斯4支冠军，桑托斯2支冠军。里约热内卢州有弗拉门戈6支冠军，瓦斯科达伽马4支冠军，弗鲁米嫩塞3支冠军，博塔弗戈1支冠军。

巴西国家联赛自成立以来，多次改变联赛赛制和参赛球队数，从最少的20支球队到最多的96支球队。直到2003年，巴西国家联赛才效仿欧洲联赛，改为双循环和升降级制。2005年，巴西国家联赛采用“4降2升”赛制，联赛球队数从2006年的22支缩减为20支。

此外，巴西的州级联赛也非常强大。圣保罗州的联赛规模比德甲还要大，仅澳超联赛就有20支球队，圣保罗州的A2和A3联赛共有20支球队，第四级联赛有44支球队，圣保罗杯20岁以下青年比赛共有88支球队。与圣保罗州相邻的里约州联赛是巴西足坛的另一大豪门，这里的老大是“Fla-Fro”，这是巴西足球的行话，指的是大名鼎鼎的弗拉门戈队和。此外还有瓦斯科达伽马和博塔弗戈，这两支球队也曾获得过巴西全国冠军。巴西足协的总部位于里约热内卢的维克托西维塔大街，这让里约人非常自豪。

由于圣保罗与里约相邻，且水平高于全国其他地区，因此还定期举行“里约对圣保罗比赛”。从1933年到2001年，仅进行过20场比赛，其中圣保罗赢了11场，里约赢了7场，还有2场平局。2002年后，巴西足协成立了全国锦标赛，两州之间的单独比赛结束。

除了里约热内卢和圣保罗，其他有资格和能力承办州联赛的州还有米纳斯吉拉斯州、巴亚诺州、卡塔琳娜州、巴伊亚州、塞阿拉州、巴拉那州、佩南布卡诺州、南里奥格兰德州等。这些州都集中在巴西东部，其州联赛参赛球队也多达18到20支。南里奥格兰德州还拥有格雷米奥、国际队、尤文图德三支甲级球队。罗纳尔迪尼奥就出生在该州的阿雷格里港，并被格雷米奥队培养。